基因检测**前沿的两种方法是:高通量测序(NGS)和数字PCR(dPCR)。高通量测序技术又称“下一代”测序技术,可以一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,功能强大,但是实验操作较复杂,数据分析难度较大,检测周期长,成本较高。数字PCR技术是目前**精细**灵敏的基因检测技术,借助微液滴或微腔室,通过单个模板分子的PCR扩增,可实现不依赖于标准曲线和参照样本的***定量。与NGS相比,数字PCR灵敏度高、检测速度快、操作简便、结果易读、成本低廉等优势使其更适合临床检测,成为精细医疗实现平民化、大众化的比较好选择。此外,数字PCR还在基因表达差异研究、拷贝数变异(CNV)研究、低丰度DNA模板分子的精确定量、甲基化含量鉴定、二代测序辅助建库、CRISPR-Cas9基因编辑结果验证、转基因成分的检测、移植排异监控、肠道菌群分析以及***基因组检测等众多领域中有着优异的应用。高灵敏度——数字PCR的灵敏度与同体积反应体系的分割份数成正比。苏州广东数字PCR
研究方向无创产前筛查无创伤的产前诊断,如21号染色体为3倍体的唐氏综合征、已知父母基因型的胎儿地贫检测或已知父母基因型的其它核酸病检测(孟德尔相关遗传疾病)。目前标本来源主要为血液,而待检测的胎儿DNA受到母体DNA的干扰,影响了检测的准确性。而QX200检测系统独特的微滴化技术完全可以作为二代测序法的补充来进行的无创伤产前诊断,从而提高工作效率及节约成本。转基 因食品或成分的检测目前在确定转基因作物或成分的含量时采取定量PCR的标准曲线法,这种方法需要依赖于已知浓度的标准品(CertifiedReferenceMaterialsCalibrants,CRMCs)。ddPCR***定量的方式可以彻底解决这些标准物质的定标工作。苏州广东数字PCR油包水乳化微滴技术,在微管道中利用气压驱动生成十万个微滴,单个微滴体积体积低至皮升级。
研究方向甲基化含量鉴定作为表观遗传学研究中重要的一个研究方向——甲基化程度分析,现阶段有不同的方法或技术来进行研究:如传统的亚硫酸氢盐处理后的克隆测序统计法、抗体检测法、定量PCR检测法等。这些方法皆因方法学的问题而不能获得精确的定量,而微滴式数字PCR系统通过对样品的微滴化处理及目标因子的***拷贝数定量,为甲基化程度的精确定量检测提供了一种全新 的技术。*****的伴随诊断常用体液来源(如血液,胸腹水,唾液及尿液等)的待检标本中的DNA,有正常脱落体细胞和病变脱落细胞两种来源,前者的量远大于后者。通过微液滴处理能在每个微液滴中有效减少正常体细胞DNA的干扰,实现**标记物的有效检测,如EGFR,ALK,ROS1,KRAS、BRAF等基因的突变检测、乳腺*/胃*的HER2基因扩增检测等,应用于**精细医学的伴随诊断。
数字PCR采用的策略概括起来非常简单,就是“分而治之”(divideandconquer)[1],这种做法非常类似于计算机科学中的“分治算法”,将一个标准PCR反应分配到大量微小的反应器中,在每个反应器中包含或不包含一个或多个拷贝的目标分子(DNA模板),实现“单分子模板PCR扩增”,扩增结束后,通过阳性反应器的数目“数出”目标序列的拷贝数。在实际的数字PCR实验中,事实上是通过呈现两种信号类型的反应器比例和数目进行统计学分析,计算出原始样本中的模板拷贝数。关于病原菌的检测鉴定。
数字PCR也叫DigitalPCR(dPCR),是近几年发展起来的一种核酸定量分析技术。相较于传统荧光定量PCR来说,数字PCR对结果的判定不依赖于扩增曲线循环Ct值,不受扩增效率的影响,能够直接读出DNA的分子个数,能够对起始样本核酸分子***定量。数字PCR基本原理是将一个样本分成几十到几万份,然后再将其分配到不同的反应单元中,使每个微滴单元包含一个或多个拷贝的核酸分子(即DNA模板),每个单元都会对目标分子进行扩增,然后再对每个单元进行荧光信号的统计并计算。相对而言,传统PCR或qPCR反应都是发生于同一体系当中,这也是数字PCR与其比较大的区别。能检测低至0.01%的突变基因。苏州广东数字PCR
分辨率——低至0.1倍基因表达差异。苏州广东数字PCR
与常规PCR方法相比,数字PCR有如下优势:1、能够***定量:常规PCR定量需要制定已知拷贝数的标准DNA曲线,但是由于待检样本与标准曲线不在统一体系,条件上会存在差异,另外加上PCR扩增效率的差异从而影响定量结果的准确性。而数字PCR不受标准曲线和扩增动力学影响,可进行***定量。2、样本需求量低:适用于珍贵样本或核酸降解严重的样本。3、灵敏度高:数字PCR是将传统PCR反应体系分割成数万个 PCR反应,这些反应可以精确地检测很小的目的片段差异、单拷贝甚至低浓度的混杂样本。且能避免非同源异质双链的形成。4、高耐受性:由于目的序列被分配到多个 反应体系中,***降低了背景信号和***物对反应的干扰,扩增基质效应大大减小。苏州广东数字PCR
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