为了让所有实验室都能同时快速自动消化多种抗体,Genovis的FabRICATORMagIC的设计具有灵活性,适用于一系列自动化平台。我们在ThermoScientific™KingFisher™纯化系统上优化了FabRICATORMagIC的工作流程,但它可以转移到其他自动化平台,如果没有自动化,在振动台上也能同样出色地工作。消解后,将含有处理样品的深孔板直接转移到LC-MS的自动进样器中进行快速色谱分析,或转移到其他分析方法进行分析。FabRICATORMagIC与在消解缓冲液中添加0.05%聚山梨醇酯20兼容,以极大限度地减少自动化系统中可能发生的纯粹压力。使用KingFisher仪器处理样品时,样品制备非常简单。将样品、树脂和缓冲液移液到指定的孔或板中,然后将板放入仪器中。设计用于FabRICATORMagIC的BindIt™协议将控制每个步骤的孵育温度和时间。铰链上方的单个暴露赖氨酸残基,生成的片段可用于结晶和高阶(HOS)NMR研究、结合研究等。福建FabRICATOR ZIdeS蛋白酶抗体酶切
与IdeS不同,Genovis的GingisKHAN(Kgp)是一种半胱氨酸蛋白酶,可在铰链上方的单个位点(KSCDK/THTCPPC)消化人IgG1,产生完整且均质的Fab和Fc片段。GingisKHAN是一种赖氨酸特异性蛋白酶。单一的消化位点是人IgG1三维结构的结果,使这种赖氨酸暴露于酶中。如果去除N-聚糖,则Fc上暴露的赖氨酸处可能会出现额外的消化位点。GingisKHAN需要温和的还原条件才能具有活性,并且在37°C和pH8下获得活性。还原剂(2mM半胱氨酸)与酶一起提供。GingisKHAN是从牙龈卟啉单胞菌中纯化的。该酶用于使用LC-MS表征基于抗体的生物zhiliao药物,研究Fc聚糖分析、双特异性抗体、亲和力和亲和力效应,并鉴定翻译后修饰。上海FabDELLOIdeS蛋白酶蛋白组学剩下一个连接子残基(甘氨酸残基),这有助于识别位于Fc区域的修饰。
与肽图谱相比,根据Genovis科学家的经验,尤其是对于像抗体这样的分子,许多人在常规实验中做了太多的肽图谱,而中级水平(Middle-level)的方法可以很好地工作。中级方法(IdeS酶切抗体)需要更少的实际操作步骤和较少的示例处理,所有这些都意味着过程中出错的事情更少。我们的许多酶可以作为平台方法,同样的方法适用于绝大多数的抗体,这不是肽图的情况下,可能需要优化整个样品制备,LC分离,质谱设置和数据分析的每个不同的抗体分析。这些变化可能是很小的,但没有一种适用于所有肽图的方法。由于分析和数据分析的简单性,中级方法非常适合自动化和高通量的工作流程。肽图当然可以自动用于样品制备,但高通量肽图生成大量数据,仍然需要彻底分析。事实上,肽图谱是一个多步骤的过程,每一个步骤都可能破坏方法,并可能导致破坏蛋白质的人工制品,很难交叉训练给非专业人员。中级水平的方法很容易交叉训练,我们的方法在质量控制实验室中被成功地使用。肽图谱是一种用于修饰分析和氨基酸确认的方法,但一旦完成了这一工作,我相信使用中级分析可以成功地更有效地完成抗体样本的大部分工作。
对于携带突变铰链的 Fc 融合蛋白或抗体来说,Fab 和 Fc 片段的生成可能具有挑战性。Genovis的GingisKHAN酶在铰链上方一个可触及的赖氨酸位点消化人IgG1,在足够温和的还原条件下保留链内和链间二硫键,从而产生完整的Fab和Fc片段。对于融合蛋白,消化通常在铰链上方获得,但融合伴侣的结构和氨基酸序列可能导致其他暴露的消化位点。如果去除保守的 Fc N-聚糖,Fc 中的第二个切割位点也可能被GingisKHAN酶切。将精选的单克隆人 IgG1 抗体和 Fc 融合蛋白与 GingisKHAN 在 37°C 下孵育 1 小时,并通过 HPLC 进行分析。消化在1小时内完成,且具有特异性。即使孵育时间延长,也没有过度消化的风险。
Genovis提供具有低水平内Du素的FabRICATOR(IdeS)冻干酶,用于IgG的铰链以下消化。FabRICATOR(IdeS)是一种IgG特异性半胱氨酸蛋白酶,可消化铰链下方单个氨基酸位点的抗体,产生均质的F(ab')2和Fc片段。FabRICATORLowEndotoxin以冻干粉的形式提供两种不同规格:2000和5000单位,分别用于消化2mg或5mgIgG。该产品配方每瓶的内Du素含量较低,2000单位小瓶的内Du素含量为<0.04EU/瓶,5000单位小瓶的内Du素含量为<0.10EU/瓶。有效消化,内DU素水平低;适用于灵敏的体内或基于细胞的检测。GlySERIAS酶能够分离多功能融合蛋白的各个结构域,以促进表征并增加对这些分子的理解。天津FabRICATORIdeS蛋白酶抗体酶切
Genovis的FabULOUS (SpeB)制备的Fab片段可用于亲和力研究、Fab糖基化研究和结构研究。福建FabRICATOR ZIdeS蛋白酶抗体酶切
样品制备的条件可能会在样品中诱发伪影,因此需要避免高温和碱性pH值进行质谱分析。如果可能的话,避免多个步骤并在一锅反应中进行消化和还原也可能是有益的。与IdeS不同,为了探索Genovis的GingisREX对离液剂和去液剂的稳定性和耐受性,在一系列试剂中测试了酶活性,并使用底物测定进行了评估。数据显示,GingisREX在6M时耐受尿素,吐温高达1%,但活性在0.1%时受到SDC的负面影响。该酶在 pH 值范围为 5.0 至 9.0 时显示出活性,在 pH 值为 6.5-8.0 之间。综上所述,GingisREX可用于一锅反应,以同时消化和变性6M尿素。与Genovis的IdeS不同,双特异性 T 细胞接合器 (BiTE) 分子是一种融合蛋白疗法,其中两个 scFv 融合,形成一个双特异性分子,其中一个 scFv 靶向细胞毒性 T 细胞,另一个靶向Ai症抗原。该蛋白质由四个蛋白质结构域组成,两个 scFv 均由 VL 和 VH 区域组成,总共由三个柔性 GS 连接子连接。这种蛋白质的大尺寸(54 kDa)可能对通过完整质谱法进行产品质量监测构成挑战,因为标准MS仪器可能无法提供蛋白质的单同位素分辨率。福建FabRICATOR ZIdeS蛋白酶抗体酶切