在目前的合同能源管理中，现行税收政策对节能服务企业享受税收优惠预设了比较苛刻的条件，从而导致现阶段可以享受税收优惠政策的企业比例是相当小的，税收优惠政策的杠杆效应没有充分显现。设备无偿转让收入问题存在争议由于合同能源管理在我国属于新兴产业，相关税收政策也比较笼统，在许多方面的规定还不尽完善，在实施中存在较大争议。如节能服务企业为客户提供合同能源管理服务时，其中也包括通过面向全社会的采购，为客户优良节能设备。合同合同能源管理是节能服务公司与用能企业之间签订的节能减排服务合同。正是由于多赢性，使得合同能源管理具有持续发展的潜力。能源费用托管型合同能源管理方案费用
改造工程完工前后，合同能源管理的节能服务公司与用户共同按照合同约定的测试、验证方案对项目能耗基准和节能量、节能率等相关指标进行实际监测，有必要时可委托第三方机构完成节能量确认。节能量作为双方效益分享的主要依据。由于对项目的全部投入（包括节能诊断、设计、原材料和设备的采购、土建、设备的安装与调试、培训和系统维护运行等）都是由合同能源管理的节能服务公司提供的，因此在项目的合同期内，合同能源管理的节能服务公司对整个项目拥有所有权。用户将节能效益中应由合同能源管理的节能服务公司分享的部分按月或季支付给合同能源管理的节能服务公司。能源费用托管型合同能源管理方案费用进行合同能源管理的节能服务公司为实现节能目标向用能单位提供必要的服务。
合同能源管理的合同签署后，节能服务公司提供项目设计、项目融资、原材料和设备采购、施工安装和调试、运行保养和维护、节能量测量与验证、人员培训、节能效果保证等全过程服务。在完成设备安装和调试后即进入试运行阶段，合同能源管理的节能服务公司还将负责培训用户的相关人员，以确保能够正确操作及保养、维护改造中所提供的先进的节能设备和系统。在合同期内，设备或系统的维修由合同能源管理的节能服务公司负责，并承担有关的费用。在根据合同所规定的费用全部支付完毕以后，合同能源管理的节能服务公司把项目交给用户，用户即拥有项目的所有权。
合同能源管理要有现金流分析，以现金流量表为基础，分析用能单位的现金流可以使节能服务公司更加直观、深入地了解用能单位的财务状况、经营成果及未来发展态势。除了偿债能力、经营能力等，还应对用能单位利润质量和用能单位未来状况进行分析。用能单位业务前景。不只要考察用能单位目前的经营状况，还要考察用能单位未来几年业务发展前景，用能单位所在行业是否景气，用能单位产品市场前景如何等。用能单位管理层情况。应对用能单位管理层的稳定性、节能积极性、业务上的合作性等情况进行考察和评估。合同能源管理项目的要素包括用能状况诊断、能耗基准确定、节能措施等。
合同能源管理是节能服务公司与用能单位以契约形式约定节能项目的节能目标，节能服务公司为实现节能目标向用能单位提供必要的服务，用能单位以节能效益支付节能服务公司的投入及其合理利润的节能服务机制。其实质就是以减少的能源费用来支付节能项目全部成本的节能业务方式。这种节能投资方式允许客户用未来的节能收益为工厂和设备升级，以降低运行成本；或者节能服务公司以承诺节能项目的节能效益、或承包整体能源费用的方式为客户提供节能服务。合同能源管理机制是一种以节省的能源费用来支付节能项目全部成本的节能投资方式。通过合同能源管理实施，用能单位或用能设备、环节的能源消耗相对于能耗基准的减少量。能源费用托管型合同能源管理方案费用
以承诺节能项目的节能效益、或承包整体能源费用的方式为客户提供节能服务。能源费用托管型合同能源管理方案费用
实行合同能源管理的节能服务企业在合同结束后，有些设备是无偿转让给用能单位的，设备的价款已于合同服务费中收回，这样的无偿转让在增值税上是否不再视同销售仍然存在争议。从基层税务机关角度分析，对合同能源管理项目税收征管缺乏经验。合同能源管理和节能服务公司目前尚处于起步阶段。基层税务机关对合同能源管理运行机制和节能服务公司的商业模式及盈利模式缺乏多方面的了解。不少基层税务机关及税务人员对国家现行的合同能源管理税收优惠政策不熟悉，在税收征管中，基层税务机关往往把节能服务公司认定为一般的节能设备销售商，认为节能服务公司是通过转卖节能设备从中获利，把节能服务合同视同设备购销合同。能源费用托管型合同能源管理方案费用
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