Real-time PCR从用途上分可以分为定性分析和定量分析:定量分析可以分为定量和相对定量两种。定量指的是我们想知道某个基因在初始样品中具体的拷贝数或浓度是多少?定量实验必须使用已知拷贝数的标准品,必须做标准曲线。而相对定量是指我们想知道某一个基因在不同样品中表达量的差异,其目的是测定目的基因在两个或多个样本中的含量的相对比例,而不需要知道它们在每个样本中的拷贝数。举例来说,如研究项目中包括使用高盐胁迫处理的样本和未高盐胁迫处理的样本,记为已处理样本和未处理样本,通常可以将未处理样本指定为基准,规定其目的基因浓度为100%,用已处理样本的定量结果除以未处理样本的定量结果,就可以计算每个已处...
聚合酶链式反应(PCR)是一种用于放大扩增特定的DN段的分子生物学技术,它可看作是生物体外的特殊DNA复制,PCR的很大特点是能将微量的DNA大幅增加。因此,无论是化石中的古生物、历史人物的残骸,还是几十年前凶杀案中凶手所遗留的毛发、皮肤或血液,只要能分离出一丁点的DNA,就能用PCR加以放大,进行比对。这也是“微量证据”的威力之所在。发明了聚合酶链反应,即简易DNA扩增法,意味着PCR技术的真正诞生。到2013年,PCR已发展到第三代技术。Real-time PCR技术已经被普遍用于监测细胞mRNA表达量的变化。徐州微量数字PCR应用Real-time PCR相对定量中的标准曲线法如何进行:...
Real-time PCR链式反应:每次循环都得加入新的DNA聚合酶,不但操作烦琐,而且价格昂贵,制约了PCR技术的应用和发展。耐热DNA聚合酶-Taq酶的发现对于PCR的应用有里程碑的意义,该酶可以耐受90℃以上的高温而不失活,不需要每个循环加酶,使PCR技术变得非常简捷、同时也降低了成本,PCR技术得以大量应用,并逐步应用于临床。多重连接依赖探针扩增允许用单个引物对扩增多个靶标,从而避免多重PCR的分辨率限制。引物的设计注意事项:1,注意引物设计好后的产物长度。Real-time PCR的较佳产物长度在150-250kb左右(书上说这样可以增加荧光的敏感度,减少实验误差,但是我对这个说法持...
Real-time PCR:实时荧光定量PCR是目前确定样品中DNA(或cDNA)拷贝数较敏感、较准确的方法。如果用于RNA检测,这被称为逆转录实时PCR即(Real-timeRT-PCR)是实时PCR法,它是指对DNA或经过反转入(RT-PCR)的RNA通过聚合酶链式反应并实时监测DNA的放大过程,在扩增的指数增长期就测量扩增产物,因为扩增指数增长期测量值与特异DNA(RNA)起始量存在相关性,从而实现定量检测。Real-time PCR的基本目标是精确测量和鉴别非常微量的特异性核酸,从而可通过监测CT值而实现对原始目标基因的含量定量。实时荧光定量PCR法较大的优点是克服了终点PCR法进入平...
Real-time PCR操作流程:1、收集样品。2相关试剂总RNA提取试剂TREzolReagent(RNA提取试剂),M-MLV(cDNA逆转录酶),RNA纯化试剂,RealqPCRMasterMix(萤光定量PCR预混试剂)。3实验仪器萤光定量PCR仪;PCR仪;低温离心机。4总RNA提取。5cDNA合成在0.5ml的离心管中加入1µl模板总RNA(1µg/µl);Real-time PCR操作流程:2µl随机引物(T18,10pmol/ul);2µl10mMdNTPmix;加水至15µl体系。混匀后70℃变性RNA...
聚合酶链反应允许快速生产短DN段,即使已知的引物序列不超过两个。聚合酶链反应的这种能力增强了许多方法,例如生成杂交 探针用于 Southern 或northern blot 杂交。聚合酶链反应为这些技术提供了大量的纯DNA,有时是单链的,甚至可以从非常少量的起始材料中进行分析。脱氧核糖核酸测序的任务也可以通过聚合酶链反应来辅助完成。已知的DN段可以很容易地从患有遗传疾病突变的患者体内产生。对扩增技术的修饰可以从完全未知的基因组中提取片段,或者可以产生感兴趣区域的单链。聚合酶链反应有许多应用于传统的 DNA克隆。它可以从更大的基因组中提取片段以插入载体,这可能只有少量可用。使用一组“载体引物”,...
Real-time PCR从用途上分可以分为定性分析和定量分析:定量分析可以分为定量和相对定量两种。定量指的是我们想知道某个基因在初始样品中具体的拷贝数或浓度是多少?定量实验必须使用已知拷贝数的标准品,必须做标准曲线。而相对定量是指我们想知道某一个基因在不同样品中表达量的差异,其目的是测定目的基因在两个或多个样本中的含量的相对比例,而不需要知道它们在每个样本中的拷贝数。举例来说,如研究项目中包括使用高盐胁迫处理的样本和未高盐胁迫处理的样本,记为已处理样本和未处理样本,通常可以将未处理样本指定为基准,规定其目的基因浓度为100%,用已处理样本的定量结果除以未处理样本的定量结果,就可以计算每个已处...
聚合酶链式反应的试验污染:PCR反应的很大特点是具有较大扩增能力与极高的灵敏性,但令人脑袋不适的问题是易污染,极其微量的污染即可造成假阳性的产生。污染原因:标本间交叉污染:标本污染主要有收集标本的容器被污染,或标本放置时,由于密封不严溢于容器外,或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染;标本核酸模板在提取过程中,由于吸样污染导致标本间污染;有些微生物标本尤其是病毒可随气溶胶或形成气溶胶而扩散,导致彼此间的污染。PCR试剂的污染:主要是由于在PCR试剂配制过程中,由于加样、容器、双蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染。如果基因的基因组DNA序列是已知的,逆转录-聚合酶链反应可以用来绘制基因中外显子和内...
聚合酶链式反应又称多聚酶链式反应,是一项利用DNA双链复制的原理,在生物体外复制特定DN段的核酸合成技术。透过这项技术,可在短时间内大量扩增目的基因,而不必依赖大肠杆菌或酵母菌等生物体。聚合酶链反应是是一种简单,廉价和可靠的方法复制DN段,这个概念适用于现物学和相关科学的许多领域。PCR可能是分子生物学中使用很较广的技术。这种技术被用于生物医学研究,犯罪取证和分子考古学。通常,PCR由一系列20-40次重复的温度变化组成,称为热循环,每个循环通常由两个或三个离散的温度步骤组成。聚合酶链式反应准备:引物内部不应出现互补序列。Real-time PCR在实验过程中注意避免mRNA的断裂。无锡细胞R...
为了便于对所检测样本进行比较,在real-timeQ-PCR反应的指数期,首先需设定一定荧光信号的域值,一般这个域值(threshold)是以PCR反应的前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号(baseline),荧光域值的缺省设置是3~15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。如果检测到荧光信号超过域值被认为是真正的信号,它可用于定义样本的域值循环数(Ct)。Ct值的含义是:每个反应管内的荧光信号达到设定的域值时所经历的循环数。研究表明,每个模板的Ct值与该模板的起始拷贝数的对数存在线性关系,起始拷贝数越多,Ct值越小。利用已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线,因此只要获得未知样品的Ct值,即...
聚合酶链式反应准备:PCR所用的酶主要有两种来源:Taq和Pfu,分别来自两种不同的噬热菌。其中Taq扩增效率高但易发生错配。Pfu扩增效率弱但有纠错功能。所以实际使用时根据需要必须做不同的选择。模板即扩增用的DNA,可以是任何来源,但有两个原则,纯度必须较高,第二浓度不能太高以免抑制。缓冲液的成分很为复杂,除水外一般包括四个有效成分:缓冲体系,一般使用HEPES或MOPS缓冲体系;一价阳离子,一般采用钾离子,但在特殊情况下也可使用铵根离子;二价阳离子,即镁离子,根据反应体系确定,除特殊情况外不需调整;辅助成分,常见的有DMSO、甘油等,主要用来保持酶的活性和帮助DNA解除缠绕结构。嵌套聚合酶...
为了便于对所检测样本进行比较,在real-timeQ-PCR反应的指数期,首先需设定一定荧光信号的域值,一般这个域值(threshold)是以PCR反应的前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号(baseline),荧光域值的缺省设置是3~15个循环的荧光信号的标准偏差的10倍。如果检测到荧光信号超过域值被认为是真正的信号,它可用于定义样本的域值循环数(Ct)。Ct值的含义是:每个反应管内的荧光信号达到设定的域值时所经历的循环数。研究表明,每个模板的Ct值与该模板的起始拷贝数的对数存在线性关系,起始拷贝数越多,Ct值越小。利用已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线,因此只要获得未知样品的Ct值,即...
实时荧光定量PCR:实时荧光定量PCR技术有效地解决了传统定量只能终点检测的局限,实现了每一轮循环均检测一次荧光信号的强度,并记录在电脑软件之中,通过对每个样品Ct值的计算,根据标准曲线获得定量结果。因此,实时荧光定量PCR无需内标是建立在两个基础之上的:Ct值的重现性PCR循环在到达Ct值所在的循环数时,刚刚进入真正的指数扩增期(对数期),此时微小误差尚未放大,因此Ct值的重现性极好,即同一模板不同时间扩增或同一时间不同管内扩增,得到的Ct值是恒定的。序列间特异性聚合酶链反应是一种用于DNA指纹识别的聚合酶链反应方法。苏州组织Real-time PCRReal-time PCR与普通PCR的...
Real-time PCR:所谓Real-time PCR技术,是指在PCR反应体系中加入萤光基团,利用萤光信号累积实时监测整个PCR进程,之后通过标準曲线对未知模板进行定量分析的方法。利用萤光信号的变化实时检测PCR扩增反应中每一个循环扩增产物量的变化,通过Ct值和标準曲线的分析对起始模板进行定量分析。Real-time PCR技术即实时萤光定量PCR避免了传统PCR以终产物监测定量产生的偏差,提高实验的重複性。该技术已经被普遍用于监测细胞mRNA表达量的变化;比较不同组织的mRNA表达差异;验证基因晶片,siRNA干扰的实验结果。多重连接依赖探针扩增允许用单个引物对扩增多个靶标,从而避免多...
聚合酶链式反应PCR技术的基本原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性-退火-延伸三个基本反应步骤构成:模板DNA的变性:模板DNA经加热至93℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;引物的延伸:DNA模板-引物结合物在72℃、DNA聚合酶(如TaqDNA聚合酶)的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基互补配对与半保留复制原理,合成一...
聚合酶链式反应准备:PCR所用的酶主要有两种来源:Taq和Pfu,分别来自两种不同的噬热菌。其中Taq扩增效率高但易发生错配。Pfu扩增效率弱但有纠错功能。所以实际使用时根据需要必须做不同的选择。模板即扩增用的DNA,可以是任何来源,但有两个原则,纯度必须较高,第二浓度不能太高以免抑制。缓冲液的成分很为复杂,除水外一般包括四个有效成分:缓冲体系,一般使用HEPES或MOPS缓冲体系;一价阳离子,一般采用钾离子,但在特殊情况下也可使用铵根离子;二价阳离子,即镁离子,根据反应体系确定,除特殊情况外不需调整;辅助成分,常见的有DMSO、甘油等,主要用来保持酶的活性和帮助DNA解除缠绕结构。实时荧光定...
聚合酶链式反应的试验污染:PCR反应的很大特点是具有较大扩增能力与极高的灵敏性,但令人脑袋不适的问题是易污染,极其微量的污染即可造成假阳性的产生。污染原因:标本间交叉污染:标本污染主要有收集标本的容器被污染,或标本放置时,由于密封不严溢于容器外,或容器外粘有标本而造成相互间交叉污染;标本核酸模板在提取过程中,由于吸样污染导致标本间污染;有些微生物标本尤其是病毒可随气溶胶或形成气溶胶而扩散,导致彼此间的污染。PCR试剂的污染:主要是由于在PCR试剂配制过程中,由于加样、容器、双蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染。如果基因的基因组DNA序列是已知的,逆转录-聚合酶链反应可以用来绘制基因中外显子和内...
实时定量PCR的系统构成及工作原理:荧光定量检测系统由实时荧光定量PCR仪,实时荧光定量试剂,通用电脑,自动分析软件等构成。设备由荧光定量系统和计算机组成,用来监测循环过程的荧光。与实时设备相连的计算机收集荧光数据。数据通过开发的实时分析软件以图表的形式显示。原始数据被绘制成荧光强度相对于循环数的图表。原始数据收集后可以开始分析。实时设备的软件能使收集到的数据进行正常化处理来弥补背景荧光的差异。正常化后可以设定域值水平,这就是分析荧光数据的水平。通过使用本产品,可以在更短的时间内,简便、低成本地进行Real-time PCR检测。连云港特殊样本荧光定量PCR网站聚合酶链式反应是一种在体外快速扩...
聚合酶链式:PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:模板DNA的变性:模板DNA经加热至93℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;引物的延伸:DNA模板--引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA 链互补的半保留复制链重复循环变性--退火--延伸三过程,就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链...
聚合酶链反应允许快速生产短DN段,即使已知的引物序列不超过两个。聚合酶链反应的这种能力增强了许多方法,例如生成杂交 探针用于 Southern 或northern blot 杂交。聚合酶链反应为这些技术提供了大量的纯DNA,有时是单链的,甚至可以从非常少量的起始材料中进行分析。脱氧核糖核酸测序的任务也可以通过聚合酶链反应来辅助完成。已知的DN段可以很容易地从患有遗传疾病突变的患者体内产生。对扩增技术的修饰可以从完全未知的基因组中提取片段,或者可以产生感兴趣区域的单链。聚合酶链反应有许多应用于传统的 DNA克隆。它可以从更大的基因组中提取片段以插入载体,这可能只有少量可用。使用一组“载体引物”,...
聚合酶链式反应的试验污染:阳性对照,在建立PCR反应实验室及一般的检验单位都应设有PCR阳性对照,它是PCR反应是否成功、产物条带位置及大小是否合乎理论要求的一个重要的参考标志。阳性对照要选择扩增度中等、重复性好,经各种鉴定是该产物的标本,如以重组质粒为阳性对照,其含量宜低不宜高(100个拷贝以下)。但阳性对照尤其是重组质粒及高浓度阳性标本,其对检测或扩增样品污染的可能性很大。因而当某一PCR试剂经自己使用稳定。聚合酶链式反应是80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术。珠海微量定量PCR供应商聚合酶链式反应的常见问题:阴性:需注意的是有时忘加Taq酶或溴乙锭。引物:引物质量、引物的浓度、两条引物...
聚合酶链式反应的常见问题:靶序列或扩增产物的交叉污染:这种污染有两种原因:一是整个基因组或大片段的交叉污染,导致假阳性。这种假阳性可用以下方法解决:操作时应小心轻柔,防止将靶序列吸入加样内或溅出离心管外。除酶及不能耐高温的物质外,所有试剂或器材均应高压消毒。所用离心管及样进头等均应一次性使用。必要时,在加标本前,反应管和试剂用紫外线照射,以破坏存在的核酸。二是空气中的小片段核酸污染,这些小片段比靶序列短,但有一定的同源性。可互相拼接,与引物互补后,可扩增出PCR产物,而导致假阳性的产生,可用巢式PCR方法来减轻或消除。聚合酶链式反应的特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。南京微量RT-P...
聚合酶链式反应的常见问题:出现非特异性扩增带:PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带 与非特异性扩增带。非特异性条带的出现,其原因:一是引物与靶序列不完全互补、或引物聚合形成二聚体。二是Mg2+离子浓度过高、退火温度过低,及PCR循环次数过多有关。其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增。其对策有:必要时重新设计引 物。减低酶量或调换另一来源的酶。降低引物量,适当增加模板量,减少循环次数。适当提高退火温度或采用二温度点法(93℃变性,65℃左右退火与延伸)。聚合酶链式反应准备:PCR所用的酶...
内标在传统定量中的作用,由于传统定量方法都是终点检测,即PCR到达平台期后进行检测,而PCR经过对数期扩增到达平台期时,检测重现性极差。同一个模板在96孔PCR仪上做96次重复实验,所得结果有很大差异,因此无法直接从终点产物量推算出起始模板量。加入内标后,可部分消除终产物定量所造成的不准确性。但即使如此,传统的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。内标对定量PCR的影响,若在待测样品中加入已知起始拷贝数的内标,则PCR反应变为双重PCR,双重PCR反应中存在两种模板之间的干扰和竞争,尤其当两种模板的起始拷贝数相差比较大时,这种竞争会表现得更为明显。但由于待测样品的起始拷贝数是未知的,所以...
所谓real-timeQ-PCR技术,是指在PCR反应体系中加入荧光基因,利用荧光信号累积实时监测整个PCR进程,之后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。在real-time技术的发展过程中,两个重要的发现起着关键的作用:(1)TaqDNA多聚酶的5′核酸外切酶活性的发现,它能降解特异性荧光记探针,因此使得间接的检测PCR产物成为可能。(2)此后荧光双标记探针的运用使在一密闭的反应管中能实时地监测反应全过程。这两个发现的结合以及相应的仪器和试剂的商品化发展导致real-timeQ-PCR方法在研究工作中的运用。聚合酶链式反应(PCR)是一种用于放大扩增特定的DN段的分子生物学技术。武汉骨...
Real-time PCR链反应注意事项:在实验过程中要防止RNA的降解,保持RNA的完整性。在总RNA的提取过程中,注意避免mRNA的断裂;为了防止非特异性扩增,必须设阴性对照;内参的设定:主要为了用于靶RNA的定量。常用的内参有G3PD(甘油醛-3-磷酸脱氢酶)、β-Actin(β-肌动蛋白)等。其目的在于避免RNA定量误差、加样误差以及各PCR反应体系中扩增效率不均一各孔间的温度差等所造成的误差;PCR不能进入平台期,出现平台效应与所扩增的目的基因的长度、序列、二级结构以及目标DNA起始的数量有关。故对于每一个目标序列出现平台效应的循环数,均应通过单独实验来确定;防止DNA的污染:采用D...
聚合酶链式反应:因为PCR扩增了目的DNA区域,所以PCR可以用于分析极少量的样品。这对于法医检定法,当时只有微量的DNA可作为证据。聚合酶链反应也可用于分析古代DNA那已经有数万年的历史了。这些基于聚合酶链反应的技术已经成功地应用于动物身上,例如四万年前猛犸,以及人类DNA,应用范围从分析埃及木乃伊识别一个俄罗斯沙皇和英国国王理查三世遗体的鉴定。定量聚合酶链反应或者实时聚合酶链反应不要与逆转录-聚合酶链反应方法混淆)允许估计样品中存在的给定序列的量——这种技术通常用于定量确定基因表达的水平。定量PCR是一种已建立的DNA定量工具,用于测量每轮PCR扩增后DNA产物的积累。流聚合酶链反应将溶液...
PCR的反应条件:dNTP浓度过高会加快反应速度,但同时还可以增加碱基的错误掺入率。引物浓度过高会引起错配和非特异性产物扩增。TaqDNA聚合酶浓度过高会引起错配和非特异性产物扩增,低则合成产物量减少。TaqDNA聚合酶无校正功能,掺入错误率达2*E-4个核苷酸,一个30个循环的扩增反应0.1%-0.25%总错误率。在90~95度下可使整个基因组的DNA变性为单链。一般94~95度30~60s。时间过长使TaqDNA聚合酶失活和dNTP破坏增多。DNA很快冷却到40~60度使引物和模板结合。引物长度在15~25时退火温度。嵌套式PCR在特异性扩增长DN段方面通常比传统PCR更成功,但它需要更详...
聚合酶链式反应准备:10×扩增缓冲液、4种dNTP混合物(终浓度)、引物(终浓度)、模板DNA、Taq DNA聚合酶、Mg2+(终浓度)、补加双蒸水等。其中dNTP、引物、模板DNA、Taq DNA聚合酶以及Mg2+的加量(或浓度)可根据实验调整,以上表格只提供大致参考值。PCR反应五要素:参加PCR反应的物质主要有五种即:引物(PCR引物为DN段,细胞内DNA复制的引物为一段RNA链)、酶、dNTP、模板和缓冲液(其中需要Mg2+)。引物有多种设计方法,由PCR在实验中的目的决定,但基本原则相同。如果基因的基因组DNA序列是已知的,逆转录-聚合酶链反应可以用来绘制基因中外显子和内含子的位置。...
聚合酶链反应:多重连接依赖探针扩增(MLPA):允许用单个引物对扩增多个靶标,从而避免多重PCR的分辨率限制。多重聚合酶链反应:由单个PCR混合物中的多个引物组组成,以产生对不同DNA序列特异的不同大小的扩增子。通过同时靶向多个基因,可以从单次测试中获得额外的信息,否则将需要几次试剂和更多时间来执行。每个引物组的退火温度必须优化,以在单个反应中正确工作,并符合扩增子尺寸。也就是说,当通过凝胶电泳可视化时,它们的碱基对长度应该足够不同以形成不同的条带。许多疾病的未知病因的测序正在通过聚合酶链反应得到解决。南通分子生物学RT-PCR检测技术服务聚合酶链反应的常见问题分析与解决方法:无扩增条带:酶失...