果实品质明显提高：菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度。乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等可提高果实中必需氨基酸(赖氨酸和蛋氨酸)、维生素B族和不饱和脂肪酸等的含量。果实口感好，耐储藏，卖价**解有机物质和***，防止重茬：菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，为作物制造***养分、提供动力，能分解连作有毒有害物质，防止重茬。肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期。山东多功能生物菌肥品质保障
生物菌肥对阳光中的紫外线十分敏感。存放或使用时尽量避免强光直接照射，因此生产上一般不采用地表撒施，可以在阴天或清晨、傍晚于土壤中施用。喷雾时只要在植物的叶片背面均匀喷布即可。混合使用：生物菌肥可以单独施用，但是不能完全代替化肥或有机肥，事实是与后两者混合使用的效果要好于它们的单独使用。要谨慎不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及草木灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混合施用。施用时期：要注重生物菌肥不是***肥，一般做底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前一周施用，效果好。而在蔬菜等经济作物上，微生物菌剂应采用蘸根、灌根的方式进行集中施用，微生物菌剂的施用量不能过大。因为生物菌肥施入土壤后有一个菌群繁殖、壮大的过程。因此，要先于作物需肥期10-15天施用，此后生物菌肥可以长期、均匀、持续地供给作物养分。北京功能性生物菌肥制造商微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色。
菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等，菌种的繁殖跟扩散需要有机质跟湿度合理搭配。更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。
促进快速生长：能产生刺激作物生长的生物***。菌肥中的微生物在土壤内的生命活动过程中，会产生大量的赤霉素和细胞***类等物质，这些物质在与植物根系接触后，能调节作物的新陈代谢，刺激作物的生长，从而使作物产生增产效果。调节生命活动，增产增收：菌群中的胶冻样芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等有益菌可促进作物根系生长，须根增多。有益微生物菌群代谢产生的植物内源酶和植物生长调节剂经由根系进入植物体内，促进叶片光合作用，调节营养元素往果实流动，膨果增产效果明显。与施用化肥相比，在等价投入的情况下可增产15%~30%。果实品质明显提高：菌群中的侧孢芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌等可降低植物体内硝酸盐含量20%以上，能降低重金属含量，可使果实中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2~4度。乳酸菌、嗜酸乳杆菌、凝结芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等可提高果实中必需氨基酸(赖氨酸和蛋氨酸)、维生素B族和不饱和脂肪酸等的含量。果实口感好，耐储藏，卖价高。分解有机物质和***，防止重茬：菌群中的米曲菌、地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等有益微生物能加速有机物质的分解，为作物制造***养分、提供动力，能分解连作有毒有害物质，防止重茬。一般的生物菌持效期都是在90天左右。因为驯化后的活菌**多只能保持2~3代的现有性状繁殖，然后出现退化。
根际环境保护屏障：菌群中的地衣芽孢杆菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成为优势菌群，控制根际营养和资源，使重茬、根腐、立枯、流胶、灰霉等病原菌丧失生存空间和条件。使植物根系细胞的细胞壁增厚，纤维化、木质化，并生成角质双硅层，形成阻止病原菌侵袭的坚固屏障。增强抗逆性：菌肥中的微生物在植物根部大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，优势菌群形成局部优势，这样就能***和减少病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效。菌群中的地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等有益微生物可增强土壤缓冲能力，保水保湿，增强作物抗旱、抗寒、抗涝能力；同时侧孢芽孢杆菌还可强化叶片保护膜，抵抗病原菌侵染，抗病，抗虫。利用微生物直接作为农药.中国台湾生物菌肥技术指导
于各种常用化肥·有机肥配合使用，提高肥料的利用率，增产增收效果.山东多功能生物菌肥品质保障
没有根据田间实际状况对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。没有根据土壤墒情施用菌肥的比较好温度是25℃～27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果较差。同时还应掌握固氮菌适宜的土壤湿度为60%左右，即见干见湿的土壤湿度**为适宜。和其他农药混用，降低活性为防止活菌致死注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后再打药除草；若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。山东多功能生物菌肥品质保障