有机肥合理施用有机肥一般作基肥施用，也可作追肥。作基肥时先撒施，然后结合翻地深施均匀。还有就是壅根，蔬菜种植中将腐熟的有机肥壅在作物根部，可以起到促根壮秧的效果。有机肥在蔬菜种植中另一种施用方式是条施，即作物生长期作追肥，在作物行矩中间开一道沟，条施有机肥。同时顺沟灌水，然后土壤填沟。条施有机肥作追肥对作物生长期营养输送有特别好的效果。所以有机肥施用不管是撒施深翻土壤还是壅根、条施前提条件必须是腐熟。有机肥，主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。有机肥养分齐全，肥效悠长，可改良泥土，培肥地力。中国台湾本地有机肥品质保障
现在人们非常希望吃到新鲜的有机水果，新鲜的有机疏菜，新鲜的有机食物。现在化肥农药使泛滥，有机农作物越来越少了。如何种出有机农作物，就要使用有机肥。什么是有机肥，就是人畜禽及其它动物的粪便和土杂肥。使用好这些有机肥要做好下面三点。***，发酵。新鲜的粪便里面有大量病菌，还有一些虫卵藏在里面，经过高温发酵，将杀死这些有害物质，促进小苗茁壮成长。第二用法。有机肥发醇好后，运往地里主要用于基肥使用，一定要深耕细作，这样利于农作物根系的吸收。第三，用量。有机肥虽然好但是也不要使用过量，如果使用过量会造成烧苗和死苗现象。一般每亩地使用发酸好的鸡粪和羊粪不能超过一千公斤。内蒙古湿地有机肥技术指导绿肥是利用绿色植物体的全部或部分直接翻压到土壤中作为肥料，是中国传统的重要有机肥料之一。
土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，增加了土壤的供肥能力。生物有机肥中的枯草芽孢杆菌等有益微生物利用土壤中的有机质，产生次级代谢物，其中含有大量的促生长类物质。如生长素，能促进植物伸长生长，脱落酸，能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，增加开花数、保果率，提高产量，使果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，达到增产增收。
“我国过去30多年化肥尤其化学氮肥施用太多,以致土壤出现了诸如土壤酸化、养分不平衡供应、土壤生物活性下降等问题。”倡议书发起人之一、南京农业大学副校长沈其荣说,“另一方面,我国化肥利用率较低,当前只有35%左右,与世界45%左右的水平差距较大。”科学家发现,长期单施氮肥,不仅使农田生态环境、土壤的理化性状以及微生物群落受到不同程度的破坏,还使作物病虫害增多,增大农业生态环境的潜在污染。目前我国耕地土壤养分失衡现象严重,氮磷钾养分供给不平衡,肥料利用率降低。耕地土壤生态功能差,30年来我国土壤有益线虫数量从每公斤土壤3000至5000条下降到500条,蚯蚓数量急剧减少，部分农田已经完全看不到蚯蚓了！堆肥这种古老的处理有机废弃物和制造肥料的方法，研究的深入和方法的改进，其应用很受各个国家的重视。
秸秆还田已经是普遍推广的增加土壤有机质的农业措施，秸秆有机质含量很高，接近90%，但绝大部分有机质都是纤维素。秸秆还田一二年后，经过土壤微生物腐解，其实**终能留在土壤中的有机质不会超过15%，绝大部分以二氧化碳的形式散失到空气中了。我国规定，商品生物有机肥料的有机质含量要大于40%。为什么是40%？而不是60%、80%？科学研究表明，一般有机原料经过腐熟后，有机质含量应该在35％-45％之间，过小，说明原料纯度不够，其中掺入了沙子、粘土等过多杂质，过大，说明腐熟不彻底。城市污泥中含有丰富的作物生长所需的各种养分及有机质，是堆肥发酵比较好原材料之一。中国澳门常规有机肥技术指导
这使得我们的产品在农业生产中能够提供更安全、更健康的肥料选择。中国台湾本地有机肥品质保障
目前我国很大部分的农用耕地土壤中的有机质含量已低于警戒线，土地大面积出现严重板结，土壤肥力已亮红灯。为此普遍高度重视，在今年的普遍一号文件中再次明确提出：“科学施用化肥，引导增施有机肥，齐全提升地力”。有机肥料是农业生产中的重要肥源，对发展有机农业、绿色农业和无害农业有着重要意义。但是有机肥料由于原料种类很多、性质差异较大，功能不一，因此施用有机肥料要讲究科学，切忌盲目施用。有机肥具有吸热、增温功能，有利于果树根系萌芽和生长。中国台湾本地有机肥品质保障