根际环境保护屏障：菌群中的地衣芽孢杆菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成为优势菌群，控制根际营养和资源，使重茬、根腐、立枯、流胶、灰霉等病原菌丧失生存空间和条件。使植物根系细胞的细胞壁增厚，纤维化、木质化，并生成角质双硅层，形成阻止病原菌侵袭的坚固屏障。增强抗逆性：菌肥中的微生物在植物根部大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，优势菌群形成局部优势，这样就能***和减少病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效。菌群中的地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等有益微生物可增强土壤缓冲能力，保水保湿，增强作物抗旱、抗寒、抗涝能力；同时侧孢芽孢杆菌还可强化叶片保护膜，抵抗病原菌侵染，抗病，抗虫。能松土保肥、改善环境：丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。有益菌刺激有机质释放营养：菌群中的巨大芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌等有益微生物在代谢过程中产生大量的植物内源酶，可明显提高作物对氮、磷、钾等营养元素的吸收率。大量的有机质通过有益微生物活动后，可不断释放出植物生长所需的营养元素。我们常说，没有有机质，就没有肥沃的土壤。有机质对农作物是极其重要的，是农作物的重要营养来源。多功能生物菌肥
适量施用。土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但**起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。黑龙江低价生物菌肥价格便宜合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果.
菌肥是“土壤的清洁师”微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的无害化合成，把他们分解成低害甚至无害的物质，从而降低土壤污染的程度。菌肥是“土壤的治疗师”土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传病害微生物对作物的危害，提高作物产量和品质。对土壤进行和“保健”，调控和维护土壤的健康质量。5，菌肥是“土壤的营养师”微生物肥料具有解磷、解钾、固氮的作用，促进土壤中微量元素的释放及螯合，可提高肥料利用率10％～30％。在一定的条件下，还能参与腐殖质形成，有利于提高土壤肥力。
为了获得更高的产量，人类在农田里连续和大量使用了化肥和农药。农田土壤中的有机质匮乏，微生物种类和数量大幅度减少了，其中也包括一些能够压制土传病害的有益微生物，如放线菌、木霉菌、芽胞杆菌等。另一方面，许多危害植物的病菌在病残体中更容易越冬。如果土壤中缺少腐生细菌，植株秸秆不能很快腐烂，病菌也就有了更多的存活机会。也正因为以上原因，近来枯萎病、纹枯病、根腐病、立枯病等日益猖獗。解决土传性的病害的两种策略1继续加强化学或物理的杀灭措施尽可能给作物创造一种无菌的条件。这是比较难的，因为土壤的结构和理化特性比较复杂，有许多因素影响灭菌效果；即便暂时能够做到，但一旦有新的病菌进入，由于缺乏自然压制能力，就会迅速成灾。2增加农田土壤微生物种类和数量创造一个合理、平衡、稳定的微生物区系并依靠他们之间的竞争、占位、重寄生等关系，压制病菌的滋长。实践证明这是持续防治病害的合理策略。压制土传病害一方面需要不断增加土壤有机质，包括农家肥（厩肥、堆肥）、工厂化生产的有机肥、秸秆还田和种植草苜蓿等绿肥作物。有机质不仅蕴涵丰富的营养物质，使土壤形成团粒结构，还是培养各种微生物的基质。《农用微生物菌剂GB 20287-2006》是没有有机质、氮磷钾的要求。但是菌含量、杂菌率等质量要求。
采集原始菌群比较好在当地林木茂密的山上选点，树木越多，生长年头越长，其林下积累的枯枝落叶就越多，这些枯枝落叶在各种生物菌的作用下形成厚厚的一层落叶土，这种落叶土就富含各种土著菌。采集时间比较好在早春进行，早春的温度较低，有利于发酵用酵母菌的繁殖，而不利于细菌、放线菌等的繁殖。米饭是微生物的喜欢，用电饭煲蒸一锅米饭；等米饭凉后松散开，并埋入林下的落叶土中；大概10天左右米饭中就会出现大量白色的菌丝(温度高时时间会短些)；这样米饭团就变成了富含各种土著菌，特别是酵母菌的原始菌群了(图1)。其实在林下收集有白色菌丝的树皮、落叶也可用来直接制作菌剂。方便的地方直接用落叶土(10%的比例)和堆肥原料一起堆肥也可以。a.将米饭埋入落叶土中。b.取出富集原始菌的饭团。c.收集到的原始菌群。d.将原始菌群和麦麸一起发酵。e.及时翻倒。f.将阴干的菌肥装袋放置：大量微生物菌群能活化土壤，增加土壤肥力、促进土壤形成良好的团粒结构，增加土壤的通透性。河北多功能生物菌肥技术指导
微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起。多功能生物菌肥
生物菌肥的作用：一个是促进土壤中团粒结构的形成，土壤团粒结构好了，理化性状就好，再一个土壤疏松，消除板结，还能增强土壤的透气性，提高保水保肥能力，生物菌肥有很多，把它叫成松土精，顾名思义，它能活化土壤，也有叫免深耕的，也有叫透气肥的，也有叫土壤调理剂的，从表面上看，生物菌肥对土壤是非常好的，有一定改良土壤的作用，第二个是分解有机肥比较好，生物菌肥在活动期间，需要有机物进行分解来繁殖，所以说充分腐熟土壤中的肥料，来减少死棵烂苗现象的发生，一般死棵烂苗都是烧根了，烧苗了这样发生的。多功能生物菌肥