有机肥腐解后，为土壤微生物活动提供能量和养料，促进微生物活动，加速有机质分解，产生的活性物质等能促进作物的生长和提高农产品的品质，不仅吃瓜瓜甜，吃麦麦香，更重要的是通过微生物分解出的有机酸能够活化土壤中被固定的矿物质元素得以充分的吸收和利用。真正的有机肥不得溶化，也不能溶化，因为有机肥里面含有大量的纤维素和木质素不能被水溶解，它必须是通过土壤中的微生物菌来进行分解，转换为氨基酸和碳水化合物才能够被果树根系吸收，这是一个缓慢而持久的过程。而且在土壤中不易流失，大量施肥容易造成磷、钾养分的富集，造成土壤养分的不平衡。广东大丰收有机肥技术指导
蔬菜比较容易积累硝酸盐，如果施用有机肥就能明显降低硝酸盐含量，吃施用有机肥的蔬菜对身体比较好。3、有机肥料进入土壤后，经过微生物分解可以缩合成新的腐殖质，它能与土壤中的粘土及钙离子进行结合，然后形成有机无机复合体，促进土壤中水稳性团粒结构形成，从而协调土壤中水、肥、气、热的矛盾。有机肥料还可以降低土壤容重，改善土壤的粘结性和粘着性，使耕性变好。由于腐殖质疏松多孔，粘着力和粘结力比粘土要小，比砂土大，因此既可以提高粘性土壤的疏松度和通气性，又能改变砂土的松散状态。吉林低价有机肥技术指导植物从土壤中摄取的各种养分可通过施用有机肥料和以植物残体形式回归土壤。
土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，增加了土壤的供肥能力。生物有机肥中的枯草芽孢杆菌等有益微生物利用土壤中的有机质，产生次级代谢物，其中含有大量的促生长类物质。如生长素，能促进植物伸长生长，脱落酸，能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，增加开花数、保果率，提高产量，使果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，达到增产增收。
3、营养和空间的竞争：可以迅速地抢占果蔬伤口的营养空间生长存活并大量繁殖，并尽可能快地消耗掉伤口营养，使得病原菌得不到合适的营养与空间条件而不能繁殖从而抑制病害的发生。4、诱导寄主产生抗性：植物组织在遭受机械损伤或者病原菌浸染时，体内会自发产生一系列生理生化反应来抵抗这些因素对自身的伤害。解淀粉芽孢杆菌可以诱导植物这种自然防御机能。5、促进植物生长：解淀粉芽孢杆菌可以产生赤霉素、吲哚乙酸、细胞分裂素等多种生理活性物质和氨基酸类物质，促进植物根系及植株生长，增强植物抗病性，从而间接地减少病害发生。以有机肥为主，化肥为辅”的施肥原则，才是目前较合理的施肥方式。
有机肥料还可以降低土壤容重，改善土壤的粘结性和粘着性，使耕性变好。由于腐殖质疏松多孔，粘着力和粘结力比粘土要小，比砂土大，因此既可以提高粘性土壤的疏松度和通气性，又能改变砂土的松散状态。3、长期大量使用化肥会导致土壤病菌虫卵增多，如果不及时处理会传播病菌，使地下水中氨态、硝态和可溶性有机态氮浓度增高，以及地表与地下水出现富营养化，导致环境质量恶化，甚至危及到生物的生存。因此耕种帮建议合理使用有机肥料，既能减轻环境污染，又可以减少化肥投入。使用有机肥要完全腐熟。完全腐熟的有机肥不产生有害气体、不烧根、无杂菌、分解快，利于作物根系的吸收。福建原产地有机肥咨询报价
为了提髙其肥效，有机肥料应集中施用，减少土壤对效果好态磷的固定。广东大丰收有机肥技术指导
有机肥一般是开沟下的，若开沟位置过于靠近主干，恐挖伤粗根，而这类根不像吸收根那么更迭较快，恢复起来需要较长的时间，果树可能因树势急剧衰退而亡；除去直接挖断粗根，开沟后未及时覆盖，使根系长时间暴露在外，同样会对树体不利。有机肥过量使用可能会导致烧根、土壤中磷、钾等养分大量集聚，造成土壤养分不平衡；土壤中硝酸根离子集聚，致使作物硝酸根盐超标，土壤溶液浓度高，不利于根系吸水等，**终引起死树。施用有机肥时应注意与无机肥、生物菌肥等的配合使用，以满足作物对营养的需求与土壤营养的补充。广东大丰收有机肥技术指导