选择质量合格，过期不能用。菌肥必须保存在低温（较适温度4～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒温箱内，有效期为一年，而一些芽孢杆菌要根据生产质量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。根据菌种特性，选择使用方法。建议大家在使用生物菌肥的时候，基施可用方法有：撒施、沟施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。不建议冲施生物菌肥，这样效果不佳，但是可以灌根，主要针对液体生物菌肥。尽量减少微生物死亡。施用过程中应避免阳光直射；蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，使用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂，***、细菌都能防治，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议使用菌肥后不要再用农药灌根。而微生物肥料因其改良土壤和增产的功效***，备受关注，已成为行业发展的趋势！安徽湿地微生物菌剂价格便宜
五、使用生物菌剂必须投入充足有机肥。有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，施用生物肥料时必须配合施用有机肥料，所以在使用菌剂时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度，而且能促进菌群的形成，提供菌肥的肥效。六、生物菌不宜与氮磷钾大量元素肥料共同使用生物菌适合与有机质共同使用，但是与氮磷钾等复合肥料共用，能杀死部分微生物菌，降低肥效。施用菌剂必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。宁夏功能性微生物菌剂技术指导微生物菌剂恰当使用可提高农产品产量、改善农产品品质、减少化肥用量、降低成本、改良土壤、保护生态环境。
为生物菌提供良好的繁殖环境。菌剂中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌剂的功能，为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境。适宜的PH值。保持土壤中适量的水分。施用菌剂必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。使用生物菌剂必须投入充足有机肥。有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，施用生物肥料时必须配合施用有机肥料，所以在使用菌剂时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度，而且能促进菌群的形成，提供菌肥的肥效。生物菌不宜与氮磷钾大量元素肥料共同使用生物菌适合与有机质共同使用，但是与氮磷钾等复合肥料共用，能杀死部分微生物菌，降低肥效。
定植穴施或沟施穴施为佳，均匀混拌麦麸、碎磨稻糠、豆粕等有机质，若少量添加玉米粉、黄豆粉尤佳（为避免豆粕等有机质烧苗，尽量使用腐熟过的，并添加晒干的泥土）。施入后及时覆土。微生物菌剂为什么穴施效果比较好？作物的生长离不开营养，而作物叶片光合作用供给的营养只占很少一部分，大部分的营养供给都是来自于作物的根系吸收。所以保证根系的生长及根系周围土壤环境健康是十分有必要的。只有保证了根系周围土壤环境营养丰富，有机质充足，就能保证根系很好地生长，为作物提供全生长周期的营养需求。混拌底肥、有机质旋耕进土下若一点次使用微生物菌剂，建议加倍用量，旋耕下底肥时使用。这是为什么呢？因为长期使用化肥的土壤，比如连作三年以上的土壤，土壤营养平衡一般就会被打破，常年使用的就会发生一系列土壤问题，严重危害了作物的质量和产量。微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色.
习惯与化学农药混用降低活性
微生物菌剂中含有活菌成分，将微生物菌剂与杀细菌药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性，造成部分菌死亡。
轻视使用量，用量不足，效果打折扣
使用微生物菌剂能取得好的效果，前提是要用足量。
土壤中的微生物种类繁多，数量巨大，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度，增施有机肥，提高土壤物理肥力，增加微生物菌的数量等。
使用方法和时间掌握不当
微生物菌剂使用方式灵活多样，液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施。
分解、释放多种中微量元素，可以使作物更好的吸收，提高作物体内蛋白质、氨基酸、糖分等含量。广东功能性微生物菌剂技术指导
一般农用微生物菌剂简称菌剂，是小肥料，是配剂。把复合微生物肥料和生物有机肥简称菌肥，是大肥料。安徽湿地微生物菌剂价格便宜
微生物肥料应避免与农药同时施用。化学农药都会不同程度地***微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。微生物肥料不宜久放，拆包后要及时施用。避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供矿质营养养分为主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。注意微生物肥料的肥效条件。微生物肥料肥效的发挥既受其自身因素的影响，如肥料中所含有效菌数、活性大小等质量因素，又受到外界其他因子的制约，如土壤水分、有机质、pH值等影响，因此微生物肥料从选择到应用都应注意合理性。安徽湿地微生物菌剂价格便宜