定植穴施或沟施穴施为佳，均匀混拌麦麸、碎磨稻糠、豆粕等有机质，若少量添加玉米粉、黄豆粉尤佳（为避免豆粕等有机质烧苗，尽量使用腐熟过的，并添加晒干的泥土）。施入后及时覆土。微生物菌剂为什么穴施效果比较好？作物的生长离不开营养，而作物叶片光合作用供给的营养只占很少一部分，大部分的营养供给都是来自于作物的根系吸收。所以保证根系的生长及根系周围土壤环境健康是十分有必要的。只有保证了根系周围土壤环境营养丰富，有机质充足，就能保证根系很好地生长，为作物提供全生长周期的营养需求。混拌底肥、有机质旋耕进土下若刚开始使用微生物菌剂，建议加倍用量，旋耕下底肥时使用。这是为什么呢？因为长期使用化肥的土壤，比如连作三年以上的土壤，土壤营养平衡一般就会被打破，常年使用的就会发生一系列土壤问题，严重危害了作物的质量和产量。一般农用微生物菌剂简称菌剂，是小肥料，是配剂。把复合微生物肥料和生物有机肥简称菌肥，是大肥料。海南湿地微生物菌剂技术指导
盲目购买应用强酸性肥料味精厂的下脚料生产的有机肥，该肥能吸引人们购买主要原因是颗粒光滑、均匀，气味芳香，内含氮：16%以上，有机质，氨基酸，因含氮高，作物应用后长势虚旺许多人因无知而感到用了好肥料，哪知已严重的加重了土壤的酸化程度。应用含有大量硫酸铵的化学肥料。因柱状化肥含水量大，如果氮肥用尿素做原料，柱状很快吸潮散开，而用硫酸铵吸潮后柱体变硬，不散碎。“尿素”属于中性肥料，适宜任何土壤。“硫酸铵”属酸性肥料，只适合中性或碱性土壤，所以，这类肥料土壤越用越酸化。个别农户还再使用“过磷酸钙”，该品是磷矿石+硫酸反应而成酸性土壤对作物的生长和微生物的活动产生了极为不利的影响，既降低肥料利用率(特别中微肥)，又降低了作物产量。并且造成土壤碱性钙离子的淋失，苦痘病发病重，还造成锰离子的解释、释放，锰中毒发生严重。福建通常微生物菌剂批发价格施用微生物菌剂前，菜农可通过提前浇小水、控制好温湿度等措施，为微生物菌创造适宜的生存环境，保证肥效。
是检查包装上是否标有产品生产日期和有效期。因为生物有机肥料中的特殊功能菌种是活的、有生命的，随着产品保存时间的延长，特殊功能菌种的有效活菌数(cfu)会不断减少，所以产品有效期标得太长是对用户不负责的。是看包装上的执行标准。生物有机肥和普通有机肥料的产品执行标准不同，生物有机肥是NY884-2012、农用微生物菌剂GB20287-2006，而普通有机肥是NY525-2012。是查看包装袋上的生产日期、保质期、保存条件。因为微生物肥料含的是活菌，每种活菌都有一定的存活时间，超过保质期的产品其效果就不再有保证。
调控环境促进微生物菌剂的增殖——温、光、水、肥、pH；在适宜的温度下施用：一般微生物菌剂在地温为18-25℃时使用较好，此时菌剂中的活菌生命活动较为活跃，低于5℃或高于40℃施用效果较差，因此建议在早上或傍晚施用。尽量不在强光下施用，因为紫外线会对微生物有伤害；一般微生物菌肥较适的土壤相对含水量是60%-70%左右，水分过多或过少都不利于生物菌的生存。这种含水量的土壤，一般手捏成团，扔在地上约有一半散开，手上有湿印和凉感。注意避免在土壤干旱的条件下施用。微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色.
巧施果肥5月中、下旬施用生物菌肥，其包含氮磷钾等多种微量元素，可补偿开花所消耗的养分和使幼果得到足够的营养，减少落果，提高座果率。但必须注意：应根据树势生长和土壤、天气的情况，确定施肥的种类、浓度和方法。干旱季节，首先应进行浇水，保持土壤湿润，然后施肥，利于根系吸收，达到“水促肥”的效果。根外施肥根外施肥是利用叶片的气孔和角质层直接渗入养分的一种追肥方法，具有见效快，吸收利用率高等优点。在花蕾期、开花期、幼果期，用溶于水的微生物菌剂进行根外施肥，可提高座果率和利于果实膨大发育。而微生物肥料因其改良土壤和增产的功效***，备受关注，已成为行业发展的趋势！湖南质量微生物菌剂技术指导
健康的土壤中包括45%左右的矿物质、25%左右的空气、25%左右的水、5%左右的有机质和1%左右的微生物。海南湿地微生物菌剂技术指导
根据菌种特性，选择使用方法。建议大家在使用生物菌剂的时候，基施可用方法有：撒施、沟施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。可以灌根，主要针对液体生物菌剂。尽量减少微生物死亡。施用过程中应避免阳光直射；蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。蘸根后要且不可与农药、化肥混合施用。特别是现在为防治根茎部病害，使用农药灌根。***、细菌都能防治，所以建议使用菌剂后不要再用农药灌根。为生物菌提供良好的繁殖环境。菌剂中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌剂的功能，为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境。适宜的PH值。保持土壤中适量的水分。施用菌剂必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。海南湿地微生物菌剂技术指导