化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。
化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。
化肥大量使用使蔬菜瓜果品质**下降。由于作物不仅只需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。
危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致*物质。
化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。
从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。
肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期。江苏原产地生物菌肥批发价格
适量施用土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。浙江本地生物菌肥制造商大量微生物菌群能活化土壤，增加土壤肥力、促进土壤形成良好的团粒结构，增加土壤的通透性。
当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。分不清使用的是菌剂还是菌肥微生物菌剂是指目标微生物(有益菌)经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂，它具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用。增加植物养分的供应量或促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥。复合微生物肥料是指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品。生物有机肥是指目的微生物经工业化生产增殖后与主要动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。
生物菌肥根据其作用不同，又可分为5类：有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。生物菌肥是农业生产中使用肥料的一种。
“菌肥”的6个认知误区：误区1：靠见效速度评价产品好坏，认为见效快的就是好菌剂或菌肥肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期，这是与化学肥料和植物调节剂的比较大区别，也就出现了微生物肥料***性不如后两者的现象。见效慢并不意味着品种是无效果的，能在较短时间内看到作物长势明显改善的品种未必是好品种，其中也不乏一些添加了植物调节剂的品种。误区2：种类混乱，分不清使用的是菌剂还是菌肥农用微生物菌剂是指目标微生物（有益菌）经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥，分别指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质和主要动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。生物菌肥在提高土壤生物肥力、防控根部病害、提高产品品质作用***，但是也有部分农户反映效果不稳定。云南口碑好生物菌肥技术指导
近几年， 随着“绿色农业”的兴起和发展，重视农产品的品质，生物肥料的生产和发展也越来越受到人们的重视。江苏原产地生物菌肥批发价格
留心观察的果农朋友会发现在生物菌肥或者生物菌剂的外包装袋上，都有标有“XX亿活菌”或者“XX亿孢子”的字样。虽然说活菌跟孢子都是活的，但是这里面大有文章！首先，与真正意义上的活菌不同，孢子其实只是菌类的“种子”。它在干燥的包装袋里时，是处于休眠状态的。如果我们把它倒出来以后随便往田里一撒，那么它是***发挥不了作用的，这跟浪费钱没什么区别。一般来说，只有吸收了足够多的水分以及处于适宜的温度环境下，孢子才能打破休眠，重新***，使菌丝萌发出来，从而发生作用。江苏原产地生物菌肥批发价格
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